境内有著名的兴化平原，面积464平方公里，主要河流有木兰溪、秋芦溪、枫慈溪三大水系，贯穿全境，形成了河流交错的水网区。流域面积50平方公里以上的河流有17条，500平方公里以上的一级河流两条。全市区内地下水资源多年年平均为2.49亿立方米，其中：山丘区占79％，平原占21 ％。随着湄洲湾北岸的开发建设，水资源供需矛盾会显的越来越突出，一方面要通过兴建水利工程把北部充裕的水资源引到沿海来；另一方面要新建蓄水工程，控制河川径流，增强调蓄能力。